北京市仁爱慈善基金会秘书处，是北京市仁爱慈善基金会理事会的具体执行部门。由理事会选任的秘书长组建并运营。
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现任秘书长

       刘志峰，男，1976年出生，武汉大学法学学士、英国ABERDEEN大学经济学硕士、中欧国际商学院EMBA。1998年-2001年就职于长江证券有限公司，2002-2004年就职于华资资产管理有限公司，2004年创办北京世纪天融投资顾问有限公司，从事投行及投资管理业务。2015年3月-2016年10月担任北京市仁爱慈善基金会常务副秘书长，2016年10月就任秘书长。
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第二任秘书长

       王卫，女，1985年10月出生。2007年7月毕业于对外经济贸易大学，获经济学学士、法学学士学位；中国人民大学公共管理（非盈利组织管理方向）硕士在读。 2009年度首都优秀慈善工作者。2005年开始志愿服务经历；2007年7月加入北京市仁爱慈善基金会为全职义工，在老义工的带动下，参与孤儿助学、衣物捐赠、奉送爱心粥、灾害救助等仁爱基金会所有主要项目的筹办，在工作和学习中逐步成长；2013年1月就任秘书长一职，负责基金会的日常运作。
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第一任秘书长：

       林启泰，男，1965年生，北 京市仁爱慈善基金会第一届理事会秘书长。1965年生于福建省，中欧国际工商学院EMBA，1982至1993年，任福建省三明市大田邮电局经 理；1993至1996年，任福建省邮电学校通信技术有限公司副总经理；1996至2004年，任福建宏智科技股份有限公司总经理、董事长；2004至 2006年，任上海同华投资公司总裁；2006年10月至2013年1月，任北京市仁爱慈善基金会秘书长，基金会的创始人之一。